药山国家级自然保护区位于云南省昭通市巧家县境内，由北边的药山片保护区和南边的杨家湾片保护区组成。总面积公顷。药山自然保护区属自然生态系统类别的森林生态系统类型的自然保护区，主要保护对象是具有中国东部与西部植物区系过渡性质的常绿阔叶林，特别是具有重要科研价值的半湿润常绿阔叶林生态系统。

保护区所在地域属我国西部型的低纬高原季风气候，有着日温差大，年温差小，干湿季分明等特点，雨热同期，干暖季立体气候明显。气温随海拔高度的增加而呈明显的降低之势。最热月（7月）平均气温从27.3℃下降到13.5℃；最冷月（1月）平均气温从12.2℃下降到-0.1℃，降水量也随海拔高度的不同而差异明显。海拔米以下左右，年降水量不足毫米；海拔米左右，年降水量在毫米；海拔-米，降水量最多；可达毫米。6-9月为雨季，占全年降水量的70%，在光能资源上，年日照平均时数为.5小时；海拔米，在全省处于中低值区。

药山国家级自然保护区河流属金沙江水系，各大小河流呈放射状自轿顶山流出，进入金沙江与牛栏江。长度大于10千米的河流约11条，河床坡降比大，水流湍急，河水径流量的季节性很强，雨季（5-10月）汛期经流量占全年的75%，旱季因降雨少，河水经流由地下水补给。地下水的主要形式有孔隙水，裂隙水和岩溶水三种，其中风化玄武岩裂隙水是保护区主要的地下水类型。

药山是乌蒙山脉的西支，为金沙江与其支流牛栏江的分水岭。呈北南走向。主峰轿顶山海拔.5米，为滇东北最高峰，山顶与河谷间的相对高差达米，在大地构造上地处古杨子板块的西部，为滇东台褶带组成部分，其西部边缘是中国著名的小江断裂带。保护区的地层层序清楚，构造形态和构造运动遗迹完好，既有古陆板块内的古裂谷活动遗迹，又有新构造成运动痕迹。第四纪冰川活动遗迹完整而典型，古生代以来的地质地貌演化，深刻地影响了这一地区的地理特征在地貌区划类型上。属滇东岔地山原区的滇东北中山山原亚区的构造溶蚀侵蚀地貌。保护区既有高山峡谷，也有断崖岩坎，山势险峻，山顶面为受古冰蚀作用改造的夷平面，地形平缓延绵、角峰、刃背、溧砾、槽、洼地常见，且分布有数十处大小不等的冰蚀湖。

药山特定的地理位置和山体高度、水热条件和植被随高度的变化，致使不同海拔高度的土壤，其形成过程、强度和发育方向不同，形成了性状特征截然不同的土壤类型，表现出非常明显的垂直分布规律。从金沙江、牛栏江河谷到药山山顶，随着海拔的升高，依次分布有以下土壤带：燥红土、红壤、西坡、黄棕壤、棕壤、暗棕壤、亚高山草甸土、高山寒漠土。土壤垂直带谱属于季风性带谱系统，据基带土壤红壤与优势土壤垂直带所属土纲（铁铝土、淋溶土）来看，带谱类型系亚热带湿润型，是滇东北、川西南、黔西地区最具代表性的、也是最典型完整的土壤垂直带谱。

药山自然保护区属自然生态系统类别的森林生态系统类型的自然保护区，是列入《中国生物多样性保护行动计划》“森林生态系统的优先保护区”。主要保护对象是具有中国东部与西部植物区系过渡性质的常绿阔叶林，特别是具有重要科研价值的半湿润常绿阔叶林生态系统。国家Ⅰ级重点保护野生植物——巧家五针松为代表的珍稀和特有植物攀枝花苏铁、南方红豆杉、珙桐、领春木、水青树、连香树、喜树、香果树、松茸等；国家重点保护的野生动物猕猴、林麝、斑羚、黑熊、豹、鬣羚、红腹角雉、鸺鹠、水獭、穿山甲、金猫等；高海拔地区的沼泽化草甸湿地生态系统；90多种模式标本植物的生境；燕山期至喜山期中晚阶段的古夷平面、第四纪冰期遗迹、深切河谷和巧家组地层等有重要保护价值的地质遗迹；从轿顶山至两江交汇的山地植被垂直带谱的自然景观。

国家一级保护植物：巧家五针松、红豆杉、珙桐、攀枝花苏铁。

国家二级保护植物：篦子三尖杉、西康玉兰、连香树、红椿、喜树、水青树、樟树、果树。

国家一级保护动物：金雕、白肩雕、黑颈鹤、豹、林麝；

国家二级保护动物：红腹角雉、白腹锦鸡、雕鸮、领鸺鹠、斑头鸺鹠、猕猴、穿山甲、水獭、斑羚、鬣羚、红瘰疣螈、黑鸢、苍鹰、雀鹰、松雀鹰、普通、乌雕、白尾鹞、游隼、红隼、灰鹤、藏酋猴、黑熊、大灵猫、金猫。